相关法律适用

根据《民法典》，当事人行使法律赋予的权利应当遵循誠实信用原则，不得违反公共秩序或者善良风俗。

法律分析

本案中，甲方与乙方签订协议，约定乙方需向甲方支付违约金，但乙方以合同无效为由拒绝履行义务。根据《民法典》，如果合同不符合法律规定或者强制性规定，则会认定合同无效。因此，本案的关键在于判断合同是否有效。

法律意见

从化律师建议甲方评估合同是否合法，并准备相应的证据证明合同有效。同时，甲方可考虑与乙方协商解决，以避免诉讼程序的繁琐和成本。此外，甲方也可考虑咨询其他专业法律人士或法律援助机构，获得更全面的法律建议。

注：以上意见限于问题条件有限，仅供参考，广州律师网；另，自民法典2021年1月1日起生效后，婚姻法、合同法等多部法律已被民法典吸收。